Фильм рассказывает о том, как после событий в "Возвращении Годзиллы", Доктор Широгами, работающий над созданием суперрастения Биолланте в попытке создать оружие против Годзиллы, перенимает генетический код своей покойной дочери и использует его в эксперименте. Однако, его работа приводит к созданию монстра, который несет угрозу для всего человечества. Теперь ему предстоит объединить усилия с легендарным Годзиллой, чтобы победить новое зловещее создание и спасти мир.