Главный герой Ларри Дейли возвращается в Музей естественной истории в Лондоне, где он работает охранником. Однако он обнаруживает, что магия, оживляющая экспонаты ночью, начала угасать, и теперь музейные друзья рискуют замирать навсегда. Ларри отправляется в путешествие вместе с любимыми персонажами музея, чтобы разгадать загадку артефакта, ответы на которую могут спасти их от исчезновения. В ходе своих приключений герои попадают в самые разные ситуации, сталкиваются с опасностями и преодолевают препятствия вслед за своей целью. На своем пути Ларри и его друзья сталкиваются с новыми друзьями и врагами, которые помогают им или препятствуют достижению цели. В конечном итоге герои находят решение загадки и спасают музейные экспонаты, заново обретая веру в чудеса и волшебство.