Главный герой Нео продолжает бороться против машин, угрожающих человечеству. Он узнаёт, что город Сион будет атакован армией машин и отправляется туда. В это время Морфеус и Тринити должны выполнить другую миссию — найти ключ для остановки армии машин. В процессе решения своих задач герои сталкиваются с новыми опасностями, загадками и обманами. В итоге они должны принять сложное решение, которое повлияет на будущее человечества.