Сюжет сериала "Морские дьяволы. Рубежи Родины" разворачивается в 1945 году, в конце Второй мировой войны. Основной сюжетной линией является борьба советского подводного флота с немецкими военными кораблями в водах Балтийского моря. Главные герои - командиры советского подводного флота - сталкиваются с трудностями и опасностями военного времени, испытывая на себе как физические, так и моральные испытания. Они борются не только с противниками, но и с собственными страхами, сомнениями и тяготами военной повседневности. В сериале также показаны личные отношения и драмы персонала подлодок, а также их принципы, преданность Родине и верность своему делу. Самая большая часть сериала посвящена реализму исторических происшествий и технических аспектов боевых операций, что придает сериалу особую атмосферу времени и места.