После событий в предыдущих фильмах, Нео живет обычной жизнью как Том, разработчик компьютерных игр. Однако он по-прежнему ощущает, что что-то не так, и начинает понимать, что его реальность не настоящая. Когда он встречает Тринити, она постепенно пробуждает его память о прошлом. Они пытаются бежать от агентов и войти в контакт с машинами, чтобы спасти человечество от зажатия в матрице. Вместе они начинают бороться против системы, чтобы вернуть свободу человечеству и завершить войну между людьми и машинами.